A Ordem das Clarissas Capuchinhas é fruto da inspiração recebida pela nobre catalã Maria Lourença Longo (+1539); membro da Ordem Franciscana Secular, então residente em Nápoles (Itália), onde fora em razão do trabalho do marido, que era cavaleiro, regente da Chancelaria Real. Tendo sido envenenada por uma criada e sofrendo paralisias, logo após ficar viúva, foi pedir a graça da cura na Santa Casa de Loreto, onde se deu o milagre e ficou restabelecida. De volta a Nápoles auxiliou na fundação e dirigiu o Hospital dos Incuráveis, onde ajudava a cuidar dos enfermos, visando tanto a saúde do corpo quanto da alma. Ali também acolheu os Frades Menores Capuchinhos, no início da reforma da Ordem, período de grandes tribulações.

Movida por grande zelo percorria as ruas da cidade, nos locais onde proliferava a prostituição, admoestando as meretrizes e oferecendo-lhes auxílio a fim de mudarem de vida, obtendo muitos êxitos.

Junto ao Hospital deu início a uma fraternidade de Irmãs enclausuradas, pertencente a Ordem Franciscana Secular, que  originou o Mosteiro Santa Maria de Jerusalém, reconhecido canônicamente em 1535. Em razão da assistência espiritual dos Frades Capuchinhos e assemelhando-se a estes na simplicidade de vida e na forma das vestes, receberam a denominação popular de "Capuchinhas".

Em 1538 o Papa Paulo III reconheceu a autêntica observância da Forma de vida de Santa Clara na Ordem das Clarissas Capuchinhas, que se destacava pela austera pobreza, a rígida vivência da clausura e intensa vida espiritual e fraterna.

Com a fama de santidade das monjas do mosteiro napolitano, logo a nova Ordem se espalhou pela Europa, chegando até as Américas. Atualmente são 160 mosteiros no mundo, sendo cinco no Brasil: Flores da Cunha/RS, Macapá/AP, Palmas/TO, Juína/MT e Manaus/AM.